一、概念上的區別。 消毒指對病原微生物的繁殖體的致死作用，但不能殺死芽孢等全部微生物，因此消毒是不徹底的，不能代替滅菌。凡用于消毒的化學藥品稱為消毒劑，因此常稱消毒劑為化學消毒劑。 滅菌殺滅物體中所有活的微生物（含芽孢）的作用，滅菌是采用強烈的理化因素使任何物體內外部的一切微生物永遠喪失其生長繁殖能力的措施。通常用物理方法來達到滅菌的目的。
二、處理方法的區別。 滅菌與消毒相比，要求更高，處理更難。滅菌必須選用能殺滅抵抗力最強的微生物（細菌芽孢）的物理方法或化學滅菌劑。而消毒只需選用具有一定殺菌效力的物理方法、化學消毒劑或生物消毒劑。 將滅菌的處理方法用于消毒完全沒有必要，而且還會產生本來可以不發生的副作用；而如果將消毒的處理方法用于滅菌,將會導致滅菌失敗。
三、應用上的區別。 滅菌主要用于處理醫院中進入人體無菌組織器官的診療用品和需要滅菌的工業產品，消毒用于處理日常生活和工作場所的物品,也用于醫院中一般場所與物品的處理.