學校前身是山東醫學院附設醫士班，1952年經華東軍政委員會同意，根據山東省衛生廳指示分遷至濟寧整合山東省第四康復醫院等資源成立山東省濟寧醫士學校；1958年山東醫學院援建，升格為本科高校，更名濟寧醫學院，招收第一屆本科生；1959年更名濟寧醫學專科學校； 1987年恢復濟寧醫學院校名，在全國率先開展精神醫學專業本科教育。
據2021年4月學校官網顯示，學校有太白湖校區、日照校區、任城校區、教學科技園(與濟寧國家高新區共建)，占地總面積115萬平方米，校區固定資產22.5億元，附屬醫院資產20億元， 館藏圖書總量360余萬冊。