福建中醫藥大學創建于1958年8月，原名福建中醫學院，是中國創辦較早的高等中醫藥院校之一，2010年3月經教育部批準更名為福建中醫藥大學。
截至2020年12月，學校擁有兩個校區，共占地1030畝，各類建筑總面積34萬多平方米，教學科研儀器設備總值4億多元，紙質圖書138萬冊、電子圖書101萬冊；設有13個學院（部），2個研究院；有2個博士后科研流動站，2個博士學位授權一級學科，7個碩士學位授權一級學科，4個碩士專業學位類別，20個本科專業；有全日制在校生1.2萬多人，其中研究生2200多人；有教職醫護員工（含四所直屬附屬醫院）5000多人，其中具有高級職稱的專業技術人員900多人；有20個國家中醫藥管理局重點學科；有4所直屬附屬醫院、18所非直屬附屬醫院、10所臨床醫學院。