學校2007年由濟南市歷下區主體遷入扁鵲故里--長清，現在學校三校區（含青島中醫藥科學院）辦學，總占地2039畝，建筑面積56萬平方米。全日制在校生23000余人，其中研究生近4200人。學校圖書館館藏圖書205萬冊、電子圖書77余萬冊、古籍善本近3萬冊，為山東省古籍重點保護單位。
學校設置17個教學機構、5個科研機構、4個教輔機構，有山東中醫藥大學附屬醫院、山東中醫藥大學第二附屬醫院、山東中醫藥大學附屬眼科醫院3所直屬附屬醫院、20所非直屬附屬醫院、23所教學醫院，其他類實踐教學基地100余處。
現有10家山東省研究生聯合培養基地、18家住院醫師規范化培訓基地，1個國家級實驗教學示范中心、1個國家級大學生校外實踐教育基地。