主要內容包括把遼東半島、臺灣島及其附屬島嶼，澎湖列島割讓給日本，開放沙市、重慶、蘇州、杭州為通商口岸，允許日本在中國開辦工廠，賠償日本軍費白銀二億兩。
在最后談判的時候，李鴻章也向日方苦苦哀求希望能夠減輕勒索，但是遭到了拒絕。
而且日本在馬關條約中獲得了軍費2億兩，還有贖遼費3000萬兩。
確認朝鮮獨立，長江、西江、吳淞江及運河等內河航行權范圍，而且賠償日本的軍費需要分八次交完，在三年之內全數清還。
馬關條約讓日本獲得了非常大的利益，同時也使中國民族半殖民地化程度大大加深。
可以說馬關條約是繼南京條約以來最嚴重的不平等條約，當時的帝國主義國家援引片面的最惠國待遇，獲得了馬關條約中除了割地賠款以外中國給予日本的所有特權。