浙江大學：
位于杭州，985工程大學，制藥工程專業水平不一定是最高的，但錄取分數一定是最高的。如果你想學制藥工程并且你的分數能夠進入浙江大學，你一定不會選其他學校，華東五校也不是蓋的，不用多說了。
天津大學：
這個是專業水平最高的院校之一，985工程大學，又位于直轄市，第四輪學科評估化學工程與技術是A+評級，在制藥工程這個專業，是相當好的學校。去不了浙江大學就去天津大學，也非常不錯。
華東理工大學：
位于上海市，211工程大學，化工類專業強校，第四輪學科評估化學工程與技術評級為A+，與天津大學并列最高，也是相當不錯的學校。1953年，華東理工創辦了中國第一個化學制藥工學專業，制藥工程專業的鼻祖。